本發明公開了一種陽離子變性淀粉及其制備方法。本發明的方法步驟如下:(1)將“儲池淀粉漿”與水混合,得到淀粉漿(淀粉含量為30-50%);(2)在淀粉漿中加入氯化鈉和3-氯-2-羥丙基-三甲基氯化銨,45-55℃、pH9.0-12.0反應60-300分鐘;氯化鈉加入量為淀粉質量的5-30%,3-氯-2-羥丙基-三甲基氯化銨加入量為淀粉質量的3-15%;(3)調pH5.0-7.0;(4)將反應產物后處理得到陽離子變性淀粉。本發明在不增加設備投資的情況下,用“儲池淀粉漿”生產陽離子淀粉,性能達到用鮮木薯淀粉生產的陽離子淀粉的效果。本發明可延長淀粉廠的生產周期、增加產量,對木薯深加工產業的意義重大。