本發明提供一種壯藥九層樓總黃酮提取方法,包括以下步驟:將九層樓藥材粉碎后,加入有機醇,在高壓脈沖電場下進行提取,過濾,濾渣用有機醇洗滌,合并濾液并減壓濃縮,得浸膏;將浸膏溶解后,先加入無機堿溶液,調節溶液pH至堿性,靜置過濾后,濾液再加入酸性水溶液調節溶液pH至酸性或中性,自然層析,將沉淀物干燥;將干燥后的產物溶解,經陶瓷超濾膜進行過濾,濾液濃縮干燥后經甲醇溶解,加入葡聚糖凝膠柱進行柱層析吸附,得到的黃色溶液濃縮干燥,即得九層樓總黃酮純品。本發明的提取方法操作簡單,反應時間短,溶劑用量少,總黃酮提取率高,得到的總黃酮活性高,且純度大于96%。