本發明公開了一種清真肉類食品的分子鑒定方法,該清真肉類食品的分子鑒定方法包括:取將待檢測樣品25mg,使用通用型柱式基因組提取試劑盒提取基因組DNA,操作步驟中Proteinase K消化時,采取過夜處理,消化時間10個小時以上;使用設計的引物16SA-SB-ZNYF和16SA-SB-ZNYR,對提取的DNA進行PCR擴增,PCR反應程序94度4min,94度30s,53度30s,72度1.5min,72度10分鐘;然后將擴增產物,交生物測序公司使用3730測序儀測序;將測序產物與給出的序列聯合,使用Clustalx軟件進行比對,并構建NJ樹,鑒定是否有豬肉狗肉和驢肉的非清真成分存在。本發明針對豬肉新設計了專用擴增引物,可以高效率擴增豬肉DNA,即使食品中含有微量豬肉、狗肉或驢肉DNA也可以被識別,可以準確區分出豬肉、狗肉或驢肉成分。