本發明涉及一種腔體濾波器的自動調諧方法和系統,其控制機械執行機構執行調諧動作并將實際濾波波形與預設的調諧參數中的目標濾波波形進行對比,若實際濾波波形符合要求,則完成調諧,若實際濾波波形不符合要求,則重復執行調諧動作,并從重復執行的調諧動作中選取一系列實際濾波波形接近目標濾波波形的調諧桿高度,并采用粒子尋優算法獲得最優的調諧桿高度,其中最優的調諧桿高度對應的實際濾波波形符合要求;依最優的調諧桿高度控制機械執行機構執行調諧動作,并將最優的調諧桿高度及對應的實際濾波波形加入到預設的調諧參數中,由此系統能夠進行自動化調諧,且調諧過程中可以不斷的更新調諧參數,能夠適應小批量多品種的濾波器的調諧。