本發明公開了一種采用二分法對硅通孔進行故障檢測的方法和系統,所述方法包括:預先根據故障硅通孔的分布對測試區域進行劃分,將測試區域劃分為中心區域、邊緣區域和不合格區域;對硅通孔進行分組,每組包括有數個硅通孔,依次將測試用探針接觸每組硅通孔,檢測各組硅通孔的阻抗和容抗特性,并分析各組中是否有故障硅通孔,以及判斷故障硅通孔所處測試區域;采用二分法對中心區域有故障硅通孔的組進行重新檢測,移動探針位置進行定位測試,定位故障硅通孔的位置。本發明可以探測面積小的硅通孔的故障情況,節省了工藝難度與成本。與探針逐個對硅通孔測試相比,大幅提高了測試效率,同時解決了硅通孔在面積非常小時無法用探針探測的情況。