本發明涉及一種新型的科研用室內珊瑚養殖方法,該方法包括以下步驟:(1)設置至少3組水箱,前后兩兩水箱彼此連通,但首尾水箱斷開;(2)每組水箱建立自循環系統;(3)構建上水通道;(4)構建回水通道;(5)由上水通道和回水通道構成整個珊瑚養殖水箱的大循環;(6)再設置研究參數的端點值I和端點值II;(7)將上水通道和下水通道的水流在各水箱中充分混合后,調節上水通道的水流量,并保持端點值I、端點值II、水流量穩定,運行一段時間后,設置中間各水箱研究參數值即可。本發明只需要對首尾兩水箱所要研究的參數進行調節和控制,通過首尾水箱以及室內環境溫度的控制就可控制中間各水箱的參數數值及其穩定性,實現了對所有水箱研究參數的調節與控制。