本發明公開了一種利用改性的MCM-41分子篩吸附分離硼同位素的方法,包括步驟:采用端基含缺電子官能團的化合物對MCM-41分子篩進行改性,獲得包含缺電子官能團的MCM-41分子篩吸附劑;將所述MCM-41分子篩吸附劑填筑于吸附柱中;將硼酸采用水或有機溶劑溶解后得到硼酸溶液注入到所述吸附柱中進行過柱淋洗;在所述硼酸溶液中,富集10B的具有四面體結構的B(OH)4-與包含缺電子官能團的MCM-41分子篩吸附劑結合,吸附于所述吸附柱中;11B存在于具有平面三角形結構的B(OH)3中隨著硼酸溶液從所述吸附柱流出,實現硼同位素的分離。