本[發明專利]公開了一種用于防治動物腹瀉的微生物制劑,包括:蒙脫石復合物4?10份、噬菌體液0.1?3份、嗜酸乳桿菌粉0.5?5份、糞鏈球菌粉0.1?3份,其中,蒙脫石復合物由下述方法制得:將60?80%蒙脫石納米粉、10?30%甘草和5?15%石榴皮加水混合,煮沸0.5?2小時,然后將混合物進行干燥處理,最后將混合物磨成粉末狀。相應的,本[發明專利]還公開一種制備上述微生物制劑的方法。采用本[發明專利],所述微生物制劑中的噬菌體易于突破機體免疫屏障,協同制劑中的益生菌和草藥成分,可以預防和治療機體內相應原核和真核細胞型微生物所致的感染性腸道疾病,可以預防和治療過敏性腹瀉,且能減緩動物源性耐藥菌的產生。