本發明公開了一種樹脂吸附原位分離并耦合發酵生產靈菌紅素的方法,該方法包括以下步驟:采用二級發酵進行靈菌紅素的發酵培養:首先進行平板活化,其次進行種子培養,最后擴大培養;針對上樣量、吸附液pH、吸附時間、吸附溫度進行單因素試驗,并測定吸附率;根據單因素試驗確定的正交試驗的試驗因素進行正交試驗。本發明以篩選出高產紅色素菌株為出發菌株,采用研究團隊優化好的培養基進行搖瓶發酵,篩選最優的吸附樹脂,通過單因素和正交試驗設計,進行樹脂對靈菌紅素吸附性能的考察,并確定最佳的吸附條件,為靈菌紅素的發酵分離耦合提供了依據。