本發明提供了一種沼液生物凈化養殖系統及其作業方法。本沼液生物凈化養殖系統,包括按照處理工藝順序排列的固液分離池、分解處理池、曝氣處理池、酸堿調節池、藻培養池和動物培養池,固液分離池、分解處理池、曝氣處理池、酸堿調節池、藻培養池和動物培養池通過連接口依次首尾串連;固液分離池對沼液進行沉淀處理及消毒處理,分解處理池對沼液進行厭氧、好氧分解代謝處理,曝氣處理池對沼液進行曝氣處理,酸堿調節池對沼液的濃度、酸堿度和營養鹽成分進行補充調整,藻培養池內養殖藻類,并利用沼液、沼氣對藻類提供養料,藻類凈化沼液、沼氣,動物培養池內隔離養殖多種水產,以藻類提供主要飼料。本發明形成循環生態的養殖產業,改善環境。