本發明公開了一種靈菌紅素的提取分離方法,該靈菌紅素的提取分離方法包括:選取實驗室優化的菌種,經斜面活化后接入種子培養基,進行發酵培養;提取靈菌紅素:取發酵液,離心,加入適量酸性丙酮,超聲提取,用旋轉蒸發器旋轉蒸干得到丙酮粗提物,用石油醚進行脫酯;利用薄層層析的方法來進行硅膠柱層析前的預實驗,通過改變配比進行多次試驗,得到最好的溶劑配比;進行柱層析;進行二次柱層析分離純化。本發明的先離心,去掉含靈菌紅素較少的上清液,用酸性丙酮對菌體進行粗提取,選擇常用的硅膠柱層析來進行精分離,采用氯仿-乙酸乙酯溶劑系統和氯仿-乙酸乙酯-甲醇的溶劑系統梯度洗脫,分離得到靈菌紅素及未知物質,分離純度高。