本發明公開一種在沙蠶體內人工定植功能性細菌菌群的方法,其特征在于:所述的方法包括以下步驟:人工培育大規格沙蠶苗種,苗種規格達1cm以上,經篩選、分離、搖瓶、發酵步驟獲得高密度功能性細菌菌群,將細菌菌群和水按照1:1-5的比例進行稀釋,然后與粉狀飼料、液態細菌葡萄糖培養基進行混合,粉狀飼料與細菌菌群稀釋液的質量比為1.5-2:1,液態細菌葡萄糖培養基是細菌菌群稀釋液體積的10-20%,取上述的混合物投喂沙蠶苗種,日投喂量為沙蠶苗種體重的10%。這是一種能夠在沙蠶體內進行人工定植功能性細菌菌群,將這類功能性細菌菌群帶入海底,以其進行海底污染修復的方法。