本發明公開了一種適合水生生態重建的底泥鈍化系統,其包括由下至上依次設置在一起的下層、中層和上層,其中,下層為礦化物粉末層,中層為具有彈性的多孔性連續材料層,上層為多孔洞高強度材料層。采用上述方案后,本發明的底泥鈍化系統采用生態型底泥鈍化技術,與傳統底泥鈍化及底泥封閉技術相比,可鈍化和疏導絕大多數底泥污染物質,容易清洗抽吸上部積累淤泥,容易隨后投放藥劑滲入底泥進行進一步的底泥處置,可抵御較強且長期的水流沖刷,可適應底泥壓縮、地質變動等不開裂破損,也有利于微生物與水生植物、底棲動物的生存繁殖。本發明的實施工藝為首創,藥劑材料均選用已經大自然觀察證實安全的物質,該實施工藝也可移植到其他水下工程施工使用。