本發明公開了一種具有腦靶向作用的多亞基蛋白質及其制備方法、用途。利用不相容的雙質粒系統在大腸桿菌中表達霍亂毒素B亞基,和增強型綠色熒光蛋白、霍亂毒素A亞基、穿膜肽三種蛋白的融合蛋白EGFP-CTA2-TAT,通過PCR擴增得到CTB基因,將該基因片段克隆到載體pET-28a中,獲得重組質粒pET-28a-CTB;以野生型CTA2、EGFP、TAT氨基酸序列為模板,在EGFP與CTA2之間插入3個酶切位點和linker,優化獲得適宜在大腸桿菌中表達的密碼子,將基因片段克隆到載體PET-22b(+)中,獲得重組質粒PET-22b-EGFP-CTA2-TAT;利用PET-28a-CTB和PET-22b-EGFP-CTA2-TAT二者不同抗性,將其共轉化到大腸桿菌BL21中,在氨芐青霉素和卡那青霉素的雙抗性選擇壓力下,篩選獲得工程菌,該工程菌經IPTG誘導表達后,可獲得CTB5/EGFP-CTA2-TAT嵌合蛋白。本發明同時公開了該蛋白質的制備方法及用途。