本發明提供了一種畜禽養殖糞污化能與回用方法及系統。該系統由污水有機質富集系統、厭氧發酵系統,污泥回流系統和污水回用系統組成。該方法基于活性污泥對廢水中有機質具有高吸附性的特性,實現畜禽養殖廢水有機質的富集,再將富含高濃度有機質的污泥并同干糞一起進行厭氧發酵,產生沼氣,實現生物質能的回用;對富集有機質后的低濃度廢水采用人工濕地和消毒方法,進一步處理,達到水質標準,實現污水零排放。此外,沉淀池污泥和厭氧發酵產生的沼渣部分回流,經由再生池曝氣處理,重新獲得高吸附活性,循環用于吸附污水中有機質,此過程實現污泥和沼渣的循環利用。本發明事項了畜禽養殖廢水的化能與回用,回收污水中生物質能并實現污水零排放,具有結構簡單、投資和運行成本低、處理效率高等優點。