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本發明實施例公開了一種基于指令集的數字信號控制系統、FPGA模塊及方法。該系統包括數字輸入輸出電路DIO控制模塊和先入先出FIFO模塊;DIO控制模塊包括至少兩個DIO通道接口,DIO通道接口分別與對應的DIO通道相連,DIO控制模塊的輸出端和FIFO模塊的輸入端相連;DIO控制模塊,用于通過DIO通道接口接收DIO通道的控制指令后,解析接收的控制指令,生成數字信號,并將數字信號組合成一個整體信號傳輸至FIFO模塊;FIFO模塊,用于對整體信號進行跨時鐘域處理,并輸出處理后的整體信號。該系統可以實現用指令控制數字信號輸出,可以簡單增加或減少數字信號的個數,數字信號可以同時輸出,嚴格同步。